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傳説中創造世界的寵物小精靈阿爾宙斯，在某次災難中拯救了世界不被滅亡，但卻身受重傷，是達摩斯救了他。 之後，為了使米季納的土地復甦，阿爾宙斯將其生命寶玉借給達摩斯，並約定在下一個日蝕之日歸還，但達摩斯卻背叛了誓言。 阿爾宙斯長眠前，許下「當我下一次醒來後將對人類進行制裁」的誓言。 在阿爾宙斯甦醒之後，以壓倒性的力量將三神徹底打敗，而帝牙盧卡也在倒下前夕將小智一行人送到過去，去了解達摩斯為什麼會背叛阿爾宙斯的真正緣由。...

神秘的忍者軍團襲擊木葉忍者村！原來他們是「空之國」忍者—空忍，從前被木葉消滅的國家。他們用上現代化兵器展開排山倒海的攻勢，令到木葉瀕臨滅國危機。醫術高明的神農及其徙弟亞丸到達木葉，希望木葉首領—綱手派出忍者小隊，前往亞丸的故鄉拯救鄉民。原來空忍亦襲擊亞丸的故鄉，尋找空忍的舊時總部遺址。 木葉首領—綱手於是命令奈良鹿丸和旗木卡卡西等人反擊空忍，而漩渦鳴人和春野櫻和日向雛田則跟隨神農回到亞丸的故鄉，發現了空忍的總部遺址，可是神農卻被空忍殺死了。另一方面，背叛了木葉的宇智波佐助受命於大蛇丸帶回曾賜予...

小櫻於小學升上6年級的暑假裏，因古羅·理道舊居被拆，使一張被封印的古羅咭逃了出來，它奪走小櫻的櫻之咭，並使友枝鎮上的人與物一一消失。若要收服它，把它變成櫻之咭，便需要犧牲自己最珍貴的感情作為等價交換條件。...

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一天，木之本櫻在雜貨店抽中香港旅行的特等籤。由於父親出差，小櫻帶着基路仔，邀哥哥木之本桃矢和好友大道寺知世、月城雪兔一同前往香港。在香港，小櫻與香港人李小狼、李莓鈴再次相見，十分高興。但小櫻身邊總出現神祕的小鳥，還夢到了奇怪的魔導士。李小狼的母親告訴小櫻，小櫻持有古羅咭將有危險。小櫻產生了奇怪的感覺，打開了店裏的一本書，書中噴出水來。小櫻被水吞入，和夢中的魔導士相見。哥哥和朋友被捉，小櫻以香港爲舞臺和魔導士戰鬥，發現了因古羅·理道而生的悲劇。...

在 DX3 終結時，官方於片末表示 DX3 為「All Stars DX 的結束」，但仍然在 Suite 光之美少女的電影版片末公開新作消息，指出 New Stage 是和 DX 截然不同的作品展開。本作並沒有先前三部 DX 之名的作品出現歷代所有光之美少女作互動，僅以 Suite、Smile 組以及原創主角為主，而有關做法曾被各方大肆批評沒有尊重開創系列的前數代。...

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花咲蕾和來海繪理香於某天早上醒來，發現希普蕾、可芙蕾不見了，照著精靈所留下的字條與地圖，來到了東京灣的「精靈樂園」，並在人群中找的了精靈，和遊客愛等四人一同參觀遊玩。不料海中的敵人「深海」，讓許多過去的敵人復活侵入，想奪取支撐樂園的彩虹寶石(レインボージュエル，Rainbow Jewel)。 沒想到，除了桃園愛一行人一樣和花咲蕾二人會變身成光之美少女外，身旁還出現了其他的戰士一同參戰。眼看樂園被敵人摧毀，彩虹寶石又位於樂園中的哪裡呢？...

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